マイナンバー制度を中心に、東京、神奈川、埼玉で活動している社労士の山上幸一です。
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国税庁が「平成27年分　年末調整のしかた」のリーフレットを公開し、

平成28年扶養控除等申告書ではマイナンバー欄付きでの記載例等も公表されています。
（参考文例）平成28年分　給与所得者の扶養控除等申告書の記載例
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2015/pdf/101.pdf

このことによって、平成28年分　給与所得者の扶養控除等申告書に　給与所得者本人、被扶養配偶者、扶養家族のマイナンバー欄が確定しました。

また、特定個人情報保護委員会から公表されている「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）」に関するＱ＆Ａ
Ｑ６－２－２ 扶養控除等申告書に記載される扶養親族の個人番号については、従業員が個人番号関係事務実施者として番号法上の本人確認を行うこととされており、事業者には本人確認義務は課せられていませんが、事業者に番号法上の本人確認義務がない場合であっても、書類に正しい番号が記載されているかを確認するために、事業者が扶養親族の通知カードや個人番号カードのコピーを取得することはできますか。
Ａ６－２－２ 個人番号関係事務においては正しい個人番号が取り扱われることが前提ですので、事業者は、個人番号関係事務を実施する一環として、個人番号カード等のコピーを取得し、個人番号を確認することが可能と解されます。なお、取得したコピーを保管する場合には、安全管理措置を適切に講ずる必要があります。

により、事業者が扶養親族の通知カードや個人番号カードのコピーを取得することが可能となっています。
したがって、社員等に、扶養控除等申告書に扶養親族を含めて、マイナンバーを記入してもらい、扶養親族を含めて通知カードのコピーを取得すれば、現在の社員等と扶養家族のマイナンバー取得は、終わりとなります。
コストも少なく、良いマイナンバー収集方法だと思います。

参考　国税庁HP　パンフレット・手引き「平成27年分　年末調整のしかた」
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2015/01.htm

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やまがみ社会保険労務士事務所　山上幸一