前年度の違いについて、働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース）の変更点について
https://www.mhlw.go.jp/content/000635895.pdf
１．①の（※３）で
３６協定届が、施行日（令和２年５月２５日）以降に届け出されたものについては、実際に時間外労働等が行われている事業場（インターバルを導入する必要性が認められる事業場）か否かについて、賃金台帳等により確認させていただく場合があります（時間外労働等の実態が特段認められない事業場については、交代制等を除き対象外となります。）。

要は、３６協定届が、施行日（令和２年５月２５日）以降に届け出されたものについては、時間外労働が賃金台帳で確認できない場合は対象外、不交付決定の可能性があります。

さらに、東京労働局HP 働き方改革推進支援助成金について
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/news_topics/kyoku_oshirase/_120743/_122923.html
【重要なお知らせ】（令和２年６月９日追記）
「労働時間短縮・年休促進支援コース」及び「勤務間インターバル導入コース」の対象事業主の要件として「時間外労働・休日労働に関する協定（36協定）を締結していること」という要件が設定されました。
この要件について、交付申請にあたっては下記をご確認いただきますようお願いいたします。
３６協定締結要件について
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/content/contents/000662576.pdf
① 交付申請時に添付された３６協定の所轄労働基準監督署への届出日（受付印押印日）が、各コースの交付要綱施行日（労働時間短縮・年休促進支援コース：令和２年４月１日、勤務間インターバル導入コース：令和２年５月２５日）以降（当日を含む）である場合には、過去の３６協定の書面を確認させていただきます（過去の３６協定（写し）を提出していただきます）。
② 過去に３６協定の締結実績が全くない場合や複数年にわたって３６協定が締結されていなかった場合等、過去の３６協定の締結状況から「労働時間等の設定の改善」の必要性を確認できない場合には、全ての対象事業場の労働者にかかる、交付申請以前の「直近６カ月分」の賃金台帳（写し）を提出していただきます。
③ 提出された賃金台帳（写し）からも「労働時間等の設定の改善」の必要性を確認できない場合は、特段の理由がない限り、本助成金について「不交付」となります。
まとめ
以下は、今のところ、東京労働局のみ
３６協定の届出が、（労働時間短縮・年休促進支援コース：令和２年４月１日、勤務間インターバル導入コース：令和２年５月２５日）前であれば、残業の有無は関係なく、この概念では、交付決定。

３６協定の届出が、（労働時間短縮・年休促進支援コース：令和２年４月１日、勤務間インターバル導入コース：令和２年５月２５日）以降である場合は、遡って、６か月分の賃金台帳等で残業が確認できる場合は交付決定

２０２０．６．１０．１２：３０東京労働局電話確認
今後、３６協定を届出して、残業をして、残業代を支払った場合、直近６カ月分の賃金台帳の提出で対象とする。
（ただし、何時間、何人必要かの交付決定基準があるかないかを含めて、回答しない）

以上

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